Chi cục Chăn nuôi và Thú y có chức năng và nhiệm vụ sau:

1. Tham mưu, giúp Sở Nông nghiệp và Môi trường trình Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh ban hành, quy định theo thẩm quyền hoặc trình cấp có thẩm quyền ban hành, quy định: chiến lược phát triển chăn nuôi của địa phương; vùng chăn nuôi, sản xuất và chế biến thức ăn chăn nuôi tập trung gắn với xử lý  chất thải, bảo vệ môi trường; quy định mật độ chăn nuôi; quyết định khu vực không được phép chăn nuôi, quyết định vùng nuôi chim yến và chính sách hỗ trợ khi di dời cơ sở chăn nuôi ra khỏi khu vực không được phép chăn nuôi; thực hiện chính sách hỗ trợ ổn định đời sống, khôi phục chăn nuôi sau dịch bệnh động vật; 

2. Tham mưu, giúp Sở Nông nghiệp và Môi trường trình Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh ban hành quy định theo thẩm quyền hoặc trình cấp có thẩm quyền ban hành quy định: quy hoạch vùng, cơ sở an toàn dịch bệnh động vật; kế hoạch phòng, chống dịch bệnh động vật; chương trình giám sát, khống chế, thanh toán dịch bệnh động vật; chính sách hỗ trợ tiêm vắc xin phòng chống dịch bệnh động vật; quy định, hướng dẫn về nhân viên thú y phường, xã, đặc khu; xây dựng hệ thống, mạng lưới cơ sở giết mổ động vật tập trung; chính sách, hướng dẫn về hoạt động giết mổ, kiểm soát giết mổ động vật trên cạn; sơ chế, chế biến, vận chuyển, kinh doanh động vật, sản phẩm động vật; hướng dẫn, kiểm tra và giám sát chất lượng thuốc thú y, điều kiện sản xuất, buôn bán, nhập khẩu thuốc thú y. 

3. Tham mưu Sở Nông nghiệp và Môi trường trình Chủ tịch Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh quyết định công bố dịch bệnh động vật trên cạn, công bố hết dịch bệnh theo quy định. 

4. Chỉ đạo, tổ chức, phối hợp thực hiện phòng, chống dịch bệnh động vật; thống kê, đánh giá thiệt hại do dịch bệnh gây ra. 

5. Xây dựng cơ sở dữ liệu, cập nhật số liệu, khai thác, quản lý cơ sở dữ liệu về chăn nuôi, về giám sát dịch bệnh động vật và thông tin dự báo, cảnh báo dịch bệnh động vật, dịch bệnh truyền lây giữa người và động vật. 

6. Tổ chức tuyên truyền, phổ biến, bồi dưỡng, tập huấn kiến thức, giáo dục pháp luật về chăn nuôi, thú y 

7. Hướng dẫn, kiểm tra hoạt động chặn nuôi, hoạt động thú y trên địa bàn Thành phố theo quy định của pháp luật; Phối hợp giải quyết khiếu nại, tố cáo, xử lý vi phạm pháp luật về chăn nuôi, thú y theo thẩm quyền. 

8. Tổ chức, hướng dẫn, phối hợp kiểm tra, giám sát việc thực hiện kiểm dịch vận chuyển động vật, sản phẩm động vật theo quy định pháp luật hoặc khi được phân công, phân cấp, ủy quyền theo quy định của pháp luật. 

9. Tổ chức, hướng dẫn, kiểm tra, giám sát việc thực hiện kiểm soát giết mổ động vật trên cạn theo quy định pháp luật. 

10. Tổ chức thực hiện quản lý sản xuất, kinh doanh giống vật nuôi và sản phẩm giống vật nuôi; quản lý sản xuất, kinh doanh thức ăn chăn nuôi và các vật tư khác thuộc lĩnh vực chăn nuôi và thú y theo quy định của pháp luật. 

11. Quản lý và sử dụng hàng dự trữ quốc gia thuộc lĩnh vực chăn nuôi, thú y khi được ủy quyền, giao nhiệm vụ.  

12. Hướng dẫn, tổ chức thực hiện, kiểm tra thực hiện quy định về hành nghề y; đối xử nhân đạo với động vật trong chăn nuôi. 

13. Thực hiện, chịu trách nhiệm về công tác tổ chức, nhân sự; hành chính, quản trị; văn thư, lưu trữ; kế hoạch, tổng hợp, báo cáo; tài chính, kế toán; tài sản theo thẩm quyền, ủy quyền, phân công, phân cấp và quy định pháp luật. 

14. Thực hiện các nội dung, mục tiêu, nhiệm vụ cải cách hành chính của Ủy ban nhân dân Thành phố và quy định của pháp luật. Thực hiện đổi mới sáng tạo và chuyển đổi số trong lĩnh vực chăn nuôi, thú y.

15. Thực hiện các nhiệm vụ khác theo sự phân công của Sở Nông nghiệp và Môi trường và quy định của pháp luật. Tổng hợp, báo cáo định kỳ, đột xuất về các chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn được quy định tại Điều này.