Theo đề nghị của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, ngày 28 tháng 9 năm 2006, Ủy ban nhân dân thành phố đã có văn bản số 7132/UBND-CNN về việc chấp thuận chủ trương cho Sở được triển khai áp dụng hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 9001:2000 trong công tác quản lý và phục vụ công dân đến 07 đơn vị trực thuộc Sở có tên sau đây: Chi cục Thú y, Chi cục Bảo vệ thực vật, Chi cục Phát triển lâm nghiệp, Chi cục Quản lý chất lượng và Bảo vệ nguồn lợi thủy sản, Trung tâm Tư vấn và Hỗ trợ nông nghiệp, Trung tâm Nước sinh hoạt và Vệ sinh môi trường nông thôn, Ban quản lý dự án đầu tư - Xây dựng công trình.

Như vậy, sau khi Văn phòng Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thành phố triển khai áp dụng hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 9001:2000 với 23 sản phẩm (trong đó có 13 sản phẩm đã được Trung tâm Chứng nhận phù hợp tiêu chuẩn – Quacert chứng nhận vào tháng 12/2005), đến nay, Sở đang mở rộng hệ thống đến 07 đơn vị trực thuộc.